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Corsi complementari

UNLEASHING PANGENOME ANALYSIS (UPA)

Iscrizioni: dal 11-10-2024 alle ore 12:00 del 24-10-2024
Iscrizioni chiuse
Candidatura terminata, attività in valutazione
Lingua: INGLESE, ITALIANO
Sede: MILANO CITTÀ STUDI
Area tematica: Strumenti

(Didattica frontale)

Docente responsabile
MARCO DOMENICO SANTAMBROGIO
CCS proponenti
Ingegneria Informatica
CFU
2
Ore in presenza
12
N° max studenti
100
Parole chiave:
FPGAs, GRAFI, Genomica, Graph Machine Learning, Pangenomica
Tag
Informatica, Ingegneria, Scienza, Salute e scienze della vita

Descrizione dell'iniziativa

L'avvento delle tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS) ha permesso di ridurre notevolmente i tempi di digitalizzazione del materiale genetico, producendo un'esplosione della quantità di dati genomici generati. Questa disponibilità di dati di sequenziamento in rapida crescita è stata fondamentale per lo sviluppo di molte applicazioni, come la medicina personalizzata o la tecnologia del DNA ricombinante nell'industria alimentare e zootecnica. Tuttavia, sono necessarie soluzioni computazionali più efficaci per sfruttare correttamente questo enorme contenuto di informazioni. Per affrontare questa sfida, sono stati sfruttati diversi acceleratori hardware (come GPU e FPGA) per velocizzare più fasi della pipeline di analisi. Dall'altro lato, sono stati introdotti nuovi paradigmi computazionali, come le strutture a grafo, per aumentare l'accuratezza e la completezza della rappresentazione dei dati genomici. Insieme a questi, è stato introdotto un livello di complessità più elevato, che ha portato alla definizione di nuove sfide tecniche: lo sviluppo di strumenti computazionali per la gestione e l'analisi dei cosiddetti grafi genomici.Questo corso si propone di fornire conoscenze e competenze nell'ambito della genomica computazionale, partendo dalle basi dell'analisi del genoma e arrivando fino agli ultimi progressi nel campo. Tra gli argomenti trattati vi saranno gli algoritmi e i metodi per l'analisi lineare del genoma, l'integrazione delle ottimizzazioni hardware per aumentare il throughput, l'approccio alla genomica a grafo e alla pangenomica e le basi Graph Machine Learning applicato a questo campo.

Periodo di svolgimento

dal Ottobre 2024 a Dicembre 2024

Calendario

  • 29/10/2024 - 18:00/20:00
  • 05/11/2024 - 18:00/20:00
  • 06/11/2024 - 18:00/20:00
  • 12/11/2024 - 18:00/20:00
  • 13/11/2024 - 18:00/20:00
  • 19/11/2024 - 18:00/20:00